Mit Seife die Hände zu waschen ist deutlich wirksamer als nur mit Wasser, denn Waschsubstanzen lösen Schmutz und Mikroben von der Haut. Zudem neigt man dazu, bei Verwendung von Seife die Hände gründlicher einzureiben und abzuwaschen als ohne, was zur zusätzlichen mechanischen Entfernung von Keimen führt.

Auch befinden sich bestimmte Keime im natürlichen Fettfilm der Haut und lassen sich mit Wasser alleine kaum entfernen. Ist keine Seife vorhanden, sollte man dennoch auf das Händewaschen mit Wasser nicht verzichten. Denn auch mit Wasser alleine wird zumindest ein Teil der Erreger entfernt. Auch wenn die Verwendung von Seife die Wirksamkeit des Händewaschens deutlich steigert, ließ sich in Untersuchungen bereits durch das Händewaschen nur mit sauberem Wasser beispielsweise die Häufigkeit von Durchfallerkrankungen senken.